Nebenwirkungen hat es keine. Es wird jedoch von den Nieren ausgeschieden, belastet also die Nieren. Insofern würde ich schauen; wenn Du den Herpes in Schach gehalten kriegst, indem Du immer beim ersten Anzeichen von feuchten Augen o.ä. L-Lysin gibst, wäre mir das lieber, als wirklich dauerhaft zu geben. Bei uns hat das so auch gut geklappt. Wenn das schlicht nicht ausreicht, würde ich zumindest auf Dauer versuchen, die halbe Dosis zu geben und dann nur im Bedarfsfall auf die volle Dosis erhöhen.
Das ist übrigens nicht medikamentspezifisch sondern gilt für vieles; auch z.B. wasserlösliche Vitamine werden über die Nieren ausgeschieden und eine unnötig hohe Überdosis über sehr lange Zeit könnte die Nieren belasten.